고차원 유전자 발현 데이터를 PCA로 차원 축소하고 임상 변수와 결합해 모델을 설계한 방식
바이오인포매틱스 수업에서 다중 바이오데이터를 통합하는 접근 방식을 처음 배웠습니다. 유전체 데이터와 임상 변수의 차원수와 형태가 달라 전처리 전략이 먼저 결정돼야 한다는 것을 알게 됐습니다.
팀 프로젝트에서 유전자 발현 데이터와 임상 정보를 결합해 생존 예측 모델을 만드는 시도를 했습니다. 고차원 유전자 발현 데이터는 주성분 분석(PCA)으로 차원을 줄이고 임상 변수와 결합하는 방식을 선택했습니다. 샘플 수가 적어 과적합이 생기기 쉬운 환경이었고, 교차 검증으로 성능을 추정했습니다.
데이터 통합 방식에 따라 모델 성능이 크게 달라졌고, 어떤 변수를 포함할지 결정하는 것이 생각보다 어렵다는 점을 경험했습니다. 대규모 다중 오믹스 데이터를 다루는 경험은 부족하지만, 이 프로젝트가 방법론적 출발점이 됐습니다.